Quy định mới về đối tượng không chịu thuế GTGT từ 01/01/2026: Doanh nghiệp cần lưu ý gì?

Từ ngày 01/01/2026, Nghị định 359/2025/NĐ-CP chính thức có hiệu lực, sửa đổi và bổ sung một số nội dung quan trọng liên quan đến đối tượng không chịu thuế GTGT theo Luật Thuế GTGT.
Những thay đổi này tác động trực tiếp đến doanh nghiệp thương mại, hợp tác xã, đơn vị nhập khẩu – phân phối hàng nông, lâm, thủy sản, đặc biệt trong khâu kê khai thuế, khấu trừ thuế đầu vào và hoàn thuế.

Xem thêm: Kho ngoại quan là gì? Vai trò, dịch vụ và thủ tục thuê kho ngoại quan mới nhất 2026

Tổng quan pháp lý về quy định mới không chịu thuế GTGT

Nghị định 359/2025/NĐ-CP được ban hành nhằm đồng bộ với Luật số 149/2025/QH15, sửa đổi Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, làm rõ hơn phạm vi hàng hóa không chịu thuế GTGT và cách áp dụng theo từng phương pháp tính thuế.

Mở rộng rõ ràng phạm vi hàng nông, lâm, thủy sản không chịu thuế GTGT

Quy định mới tiếp tục khẳng định các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường thuộc diện không chịu thuế GTGT, đồng thời làm rõ phạm vi áp dụng để tránh nhầm lẫn trong thực tế kê khai.

Theo đó, sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi và thủy sản nuôi trồng, đánh bắt không chịu thuế GTGT ở cả khâu bán ra và nhập khẩu, với điều kiện do tổ chức, cá nhân trực tiếp sản xuất hoặc đánh bắt bán ra. Việc xác định đúng mức độ chế biến là cơ sở quan trọng để doanh nghiệp áp dụng chính sách thuế chính xác ngay từ đầu.

Xem thêm: Quy định kiểm định hàng gia dụng điện khi vận chuyển chính ngạch

Doanh nghiệp mua – bán trung gian không phải nộp thuế nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào

Điểm mới đáng chú ý là quy định cho phép doanh nghiệp trung gian được khấu trừ thuế GTGT đầu vào dù không phát sinh thuế đầu ra.

Cụ thể, doanh nghiệp, hợp tác xã mua các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến và bán lại cho doanh nghiệp hoặc hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT, nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào hợp pháp. Quy định này giúp giảm áp lực dòng tiền và hạn chế vướng mắc trong hạch toán thuế của doanh nghiệp thương mại.

Xem thêm: Checklist nhập hàng đồ chơi Trung Quốc chính ngạch cho doanh nghiệp

Phân biệt rõ nghĩa vụ thuế theo phương pháp khấu trừ và phương pháp trực tiếp

Nghị định mới phân định rõ nghĩa vụ thuế GTGT theo từng phương pháp tính thuế nhằm hạn chế kê khai sai.

Doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ khi bán hàng cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác thì không phải kê khai, nộp thuế GTGT. Trường hợp bán cho hộ, cá nhân kinh doanh hoặc các đối tượng khác, doanh nghiệp phải áp dụng thuế suất GTGT 5%.
Trong khi đó, các đơn vị nộp thuế theo phương pháp trực tiếp sẽ tính thuế GTGT phải nộp bằng 1% trên doanh thu tại khâu kinh doanh thương mại.

Bãi bỏ điều kiện người bán đã nộp thuế khi xét hoàn thuế GTGT

Nghị định 359/2025/NĐ-CP bãi bỏ các quy định từng yêu cầu người bán phải hoàn tất nghĩa vụ kê khai, nộp thuế trước khi người mua được hoàn thuế GTGT.

Điều này đồng nghĩa doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế không còn phụ thuộc vào tình trạng kê khai, nợ thuế của bên bán, giúp hạn chế tình trạng hồ sơ hoàn thuế bị kéo dài do yếu tố ngoài tầm kiểm soát.

Xem thêm: Cách tối ưu chi phí vận chuyển chính ngạch máy móc nặng từ Trung Quốc về Việt Nam

Hồ sơ hoàn thuế nộp trước 01/01/2026 được xử lý theo hướng có lợi

Đối với các hồ sơ hoàn thuế GTGT đã nộp và được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 01/01/2026 nhưng chưa có quyết định hoàn, doanh nghiệp không phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT.

Quy định chuyển tiếp này giúp tránh hồi tố bất lợi và tạo sự ổn định cho doanh nghiệp trong giai đoạn chính sách thuế thay đổi.

Xem thêm: Lỗi nhập hàng Trung Quốc chính ngạch khiến 80% chủ shop thời trang mất tiền oan

Doanh nghiệp cần lưu ý gì khi áp dụng quy định mới?

Trên đây là những điểm mới quan trọng về đối tượng không chịu thuế GTGT theo Nghị định 359/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 01/01/2026. Việc hiểu đúng và áp dụng chính xác quy định sẽ giúp doanh nghiệp tối ưu nghĩa vụ thuế, hạn chế rủi ro pháp lý và chủ động trong kế hoạch tài chính.
Trong bối cảnh hoạt động nhập khẩu, phân phối và lưu thông hàng hóa ngày càng chặt chẽ, việc kiểm soát chính sách thuế ngay từ đầu là nền tảng để doanh nghiệp vận hành bền vững, đặc biệt với các mô hình nhập hàng, thương mại và logistics liên quan đến hàng hóa có nguồn gốc nước ngoài.